После короткого перемирия к 1941 г. стало ясно, что участия в конфликте между Германией и СССР избежать невозможно и что сближение с Германией — единственная возможность сохранить суверенитет Финляндии. 22 июня германская авиация нанесла удары по СССР с территории Финляндии. Финны вступили в войну только 25-ого, подчеркивая, что она является оборонительной, отдельной от Германии. Большинство финнов действительно сражалось за восстановление справедливости, т.е. восстановления прежних границ.
Сам Маннергейм к фашизму относился с презрением. После оккупации Чехословакии он писал своей сестре: «Мы негодовали и возмущались действиями русских, но это только детская игра по сравнению с Адольфусом, начальником его Чека Гиммлером и его любимыми помощниками. Мы стоим перед концом света».
Маннергейм отстаивал нейтралитет своей страны, но Финляндия оказалась буквально между молотом и наковальней. Ему предстояло в третий раз сохранить независимость Финляндии, виртуозно лавируя между двумя противоборствующими сторонами.
Финляндия выступала как пассивный сторонник Германии в войне против СССР. Гитлер требовал от Маннергейма, чтобы он вел полномасштабную войну против СССР, но тот захватил лишь Выборг и Петрозаводск. Финская армия остановилась на старой границе с СССР и оккупировала районы советской Карелии, населенные преимущественно не русскими, а карелами (большинство из них, кстати, в 1944 году ушли на территорию Финляндии вместе с «захватчиками»). Маршал приказал не обстреливать Ленинград и «дорогу жизни» через Ладожское озеро. Несмотря на угрозы Германии прекратить поставки зерна и оружия, Маннергейм отказался продолжать наступление и идти к Ленинграду. Он безумно любил этот город, где прошли его лучшие годы, где он научился мужеству, воле, научился заботиться о солдатах. Далее он всячески настаивал на выходе Финляндии из войны. В ходе блокады фронт по Карельскому перешейку был самым спокойным участком всего Восточного фронта, что породило анекдот: «во всей Европе остались только две невоюющие армии — королевская шведская и 23-я советская».
Военное руководство маршала Маннергейма во время войны 1941–1944 гг. имело важное психологическое значение: своим авторитетом он держал в подчинении генералов в ставке и фронтовых командиров, а также членов правительства и сдерживал внутренние конфликты и соперничество, обычные для затягивающейся войны.
Политическое значение его авторитета проявилось и в отношениях с Германией: Маннергейм, из всего руководства Финляндии, наиболее отчетливо требовал – и мог требовать – формального и реального соблюдения политической и военной независимости Финляндии.
Интересным примером этому стал 75-летний юбилей Маннергейма 4 июня 1942 г., когда Адольф Гитлер, фюрер Германии, лично прибыл поздравить только что произведенного в маршалы Финляндии Маннергейма.
Поведение Маннергейма в этой ситуации считают образцовым сочетанием подчеркнутой вежливости и твердости в сохранении собственного авторитета. Это позволило отвергнуть притязания Германии на диктат в отношении Финляндии.
В августе 1944 г. маршал К. Маннергейм стал президентом Финляндии и сразу же разорвал военный пакт с Германией. 19 сентября 1944 г. был подписан договор о перемирии между Финляндией и СССР, благодаря чему Финляндия стала единственной страной гитлеровской коалиции, которая не была оккупирована.
В 1946 г. К. Маннергейм ушел в отставку. Освободившись от государственных обязанностей, Маннергейм смог больше внимания уделять своему здоровью. В сентябре 1947 г. ему сделали в Стокгольме операцию. Последние годы прожил в Лозанне, на берегу Женевского озера. Здесь работал над мемуарами, К началу 1951 г. монументальный двухтомник был в основном готов к опубликованию.
19 января 1951 г. 83-летний маршал тяжело заболел. Обострилась язва желудка. Слабо улыбаясь, он сказал врачу; «Во многих войнах я воевал… но теперь, думаю, я проиграю эту последнюю битву». 27 января 1951 г. он скончался. Похороны состоялись 4 февраля при большом стечении народа. Маннергейма похоронили на кладбище Хиэтаниеми в Хельсинки рядом с его бывшими соратниками, солдатами, павшими в войнах.
